После событий первой Пенумбры, главный герой Филипп связывается со своим другом по электронной почте, и начинает описывать страшные события которые, произошли с ним на тайной исследовательской станции на острове Гренландия.

Итак Протагонист приходит в себя после того, как его оглушило непонятное существо в коридоре. Кто это был? человек или мутант? Тут же герой слышит жуткие крики в соседней комнате, и мысленно благодарит бога, за то, что единственная дверь в комнате крепко заперта. Далее Филипп выбирается через вентиляционную шахту и начинает своё уже второе жуткое путешествие в стиле Survival Horror.

Большая часть игры будет проходить в закрытых помещениях, а наряду со слуховыми и зрительными галлюцинациями, непроизвольно начинаешь страдать лёгкой клаустрофобией даже находясь по другую сторону экрана. Да еще к тому же эти жуткие мутанты, которые раньше были сотрудниками станции, стали намного умнее и злее, чем собаки из первой части игры. Поэтому приходится ходить еще тише и медленнее, вслушиваться, что происходит за углом,и по долгу осматривать местность и запоминать небольшие карты, которые висят на стенах, и не доступны из игрового меню.

Из игры теперь полностью убрали элемент сражения, хотя он итак присутствовал весьма условно. Если раньше мы могли врезать собаке киркой по морде, или подорвать ее на баллоне с пропаном, то теперь у нас вообще нет оружия — прям как в Амнезии, и остается лишь бежать и прятаться (Может хотя бы пузырек со святой водой дали из Clock Tower 3? — хотя вряд ли он поможет).

С самого начала игры Penumbra Black Plague, окажется, что главный герой заражен вирусом, от которого и мутировали все члены станции. Времени мало и надо срочно действовать. Мало того, что герой испытывает сильные галлюцинации, так еще и голос разговаривает с ним и пытается сбить его с правильного пути. в конце концов Филипп не выдерживает и переселяет червя из своего организма в труп, который он нашёл на операционном столе. Конечно черьв после этого сильно разозлился, но другое высшее существо по имени Туурнгайт убило его. А заоодно и восхитившись действиями Филиппа дало человечеству право на жизнь, которое оно время потеряло за свою беспеность.

Таким образом Филипп, который отправился на поиски отца и теперь трагически обнаружил его мертвым в секретной библиотеке спас себя от гибели в шахтах и исследовательском центре, а заодно и всё человечество от древнего зла.